Die Geschlechterbestimmung kann bei Zwerghamstern (außer vielleicht bei dem chinesischen Streifenhamster- dicke Eier im Gepäck) relativ schwierig sein, weil man nicht oft wie bei z.B. Goldhamstern die deutliche Wölbung der Hoden beim männlichen Tier sehen kann.
Außerdem werden dsungarische Zwerghamsterjungtiere so wie die anderen Hamster der Gattung Phodopus mit ca. 28 Tagen geschlechtsreif, sodass man sie zu diesem Zeitpunkt in Geschlechtergruppen unterteilen muss, um Inzest zu vermeiden. Die weiblichen Jungtiere können häufig noch bis zur 6.-8. Woche mit bei der Mutter bleiben, wenn sie tolerant veranlagt ist.
Bei allen Hamsterarten unterscheidet man Männchen und Weibchen im Abstand von Anus und Vulva/Penis. Beim Männchen ist der Abstand ziemlich groß, bei der Geschlechtsbestimmung pinkeln die Tiere sehr oft, dann sieht man auch direkt wo der Urin rauskommt. Die Stelle zwischen Anus und Penis ist behaart. Beim Weibchen scheint sich Vulva und Anus auf einer unbehaarten, zum Teil dunkel pigmentierten Umgebung zu befinden. Man darf sich nicht darauf konzentrieren, ob es einen “Zipfel” gibt oder nicht, denn auch die Vulva der Weibchen kann leicht zipfelförmig wirken. Meistens sieht man beim Männchen die stärker arbeitende Bauchdrüse weiter oben Richtung Kopf in der Bauchmitte (medial ventral). Wenn man die Geschlechtsbestimmung bei noch nackten Jungtieren durchführt (Achtung: die Mutter sollte in der Aufzucht so wenig wie möglich gestört werden, nur von erfahrenen Züchtern anzuwenden) kann man bei Weibchen häufig die Zitzen als kleine rote Punkte erkennen, die sich paarig seitlich (lateral) von den Lenden bis ca. zur Mitte des Bauches ziehen. Falls man so früh eine Nestkontrolle durchführt- ob nun zur Geschlechtsbestimmung und/oder allgemeinen Gesundheitscheck- sollte sich vorher die Ärmel hochkrempeln, die Hände und Unterarme mit Kernseife ohne Parfüm waschen und dann diese gründlich mit Einstreu einreiben. Dadurch überdeckt man seinen Eigengeruch und die Jungtiere werden von der Mutter nicht verstoßen.
